ЭЦП для маркировки подойдет для регистрации в системе Честный ЗНАК, постановке на учет в ФНС онлайн-кассы и работе на других государственных порталах.
Для маркировки нужна не простая подпись, а УКЭП — Усиленная квалифицированная электронная подпись. Какая именно подпись вам подойдёт и какие к ней нужны дополнительные программы — зависит от того, как будете подписывать накладные.